Cuando comenzó la conquista española, 1561 , formaron un gran ejército al mando de Juan Calchaquí logrando rechazar a los invasores hasta Santiago del Estero . Pero en 1665 los conquistadores , que habían fundado varias ciudades a modo de cerco (la fundación de la ciudad de Jujuy cerró tal cerco por el Norte), lograron vencerlos. Para evitar rebeliones, los españoles dividieron y desarraigaron a los diaguitas. Por ejemplo la mayor parte de los integrantes de la parcialidad de los Quilmes , fueron obligados a caminar desde Tucumán hasta Buenos Aires, más precisamente hasta la localidad que hoy lleva su nombre. Así, prácticamente todos los diaguitas que resistieron a la invasión española fueron desarraigados o deportados al concluir la Guerra Diaguita (o Guerra Calchaquí), algunas parcialidades fueron tratadas con algo más de indulgencia al no haber participado en tal conflicto, tal es el caso de los Amaicha , los cuales pudieron así permanecer en sus