Nació el 25 de febrero de 1778 en el pueblo de Yapeyú, situado a orillas del caudaloso río Uruguay, que dependía del Virreinato del Río de la Plata. Su padre, don Juan de San Marín, había nacido en España y se desempeñaba como teniente gobernador del departamento. Su madre, doña Gregoria Matorras, era sobrina de un conquistador del Chaco. Se trasladó a España junto con sus padres en el año 1786 donde ingresó al Seminario de Nobles de Madrid. En 1789 comienza su carrera militar en el regimiento de Murcia. Luchó en la campaña de África combatiendo en Melilla y Orán. En 1797 es ascendido a subteniente por sus acciones frente a los franceses en los Pirineos. En 1797 su regimiento, que había participado en las batallas navales contra la flota inglesa en el Mediterráneo, se rindió en agosto de 1798. Durante el período que sigue, lucha en diferentes acciones en el sur de España, en Gibraltar y Cádiz, con el grado de capitán 2° de infantería ligera. En 1808 las tropas